После перезагрузки сервера перестал запускаться tomcat. Так как жабу я никогда не любил, то не знал (и не знаю) как там всё это дело работает. Так что пришлось провести много-много времени в поисках проблемы. Помогла интуиция :)
Похоже, java пытается использовать подходящие классы из первого попавшегося jar. Разрабодчег скопировал древний j2ee.jar в системный каталог с jar-ами tomcat и последний безуспешно пытался его использовать вылетая с ошибкой
java.lang.NoSuchMethodException: org.apache.catalina.startup.Catalina.setAwait(boolean)
at java.lang.Class.getMethod(Class.java:1622)
at org.apache.catalina.startup.Bootstrap.setAwait(Unknown Source)
at org.apache.catalina.startup.Bootstrap.main(Unknown Source)